Studie van het ruimtelijke transcriptoom geeft nieuwe inzichten in de kinderkanker neuroblastoom
CRIG onderzoekers zijn erin geslaagd om de genactiviteit van de volledige neuroblastoom micro-omgeving in kaart te brengen. De inzichten die hieruit volgen bieden mogelijks interessante aangrijpingspunten voor nieuwe behandelingen.
Neuroblastoom is de meest voorkomende kanker bij zuigelingen en verantwoordelijk voor 15% van de totale kinderkanker sterfte. Chemotherapie en chirurgie vormen de hoeksteen van de behandeling, maar hebben niet te onderschatten nevenwerkingen en zijn bovendien niet effectief bij alle vormen van de tumor. Daarom is er een grote nood aan aangrijpingspunten voor nieuwe behandelingen.
Om dit mogelijk te maken gebruikten een internationaal team van onderzoekers, onder leiding van prof. Jimmy Van den Eynden, de nieuwe ruimtelijke transcriptoom technologie in tumorstalen afkomstig van twee neuroblastoompatiëntjes. Het is de allereerste keer dat deze technologie op neuroblastoom werd toegepast en de resultaten zijn veelbelovend. Zo werden er verschillende nieuwe communicatiekanalen ontdekt tussen tumorcellen, immuuncellen en andere aanwezige cellen in neuroblastoomtumoren. Verder onderzoek zal zich nu richten op het beter begrijpen van deze communicatiekanalen en de ontwikkeling van behandelingen hierop.
Ons onderzoek is op veel vlakken bijzonder. Dit is niet alleen de eerste ruimtelijke transcriptoom studie op neuroblastoom tumoren. We toonden ook aan dat het met deze nieuwe technologie mogelijk is om inzichten te verwerven in tumorstalen die jaren geleden werden afgenomen, lang voordat deze technologie bestond. Dit doet me een beetje denken aan de TV serie Cold Case, waar misdaden jaren later worden opgelost met dank aan nieuwe wetenschappelijke technieken.
- Prof. Jimmy Van den Eynden (CRIG, UGent)
Het onderzoek werd uitgevoerd door CRIG onderzoekers Joachim Siaw (postdoctoraal onderzoeker 2021-2024) en Peter Merseburger (doctoraatstudent). De staalverwerkingen vonden plaats in de labo’s van prof. Ruth Palmer (Universiteit Göteborg, Zweden) en prof. David Gisselson Nord (Universiteit Lund, Zweden). De data-analyse gebeurde in Gent.
De analyse van ruimtelijke transcriptoom data stelt heel wat bioinformatica uitdagingen. Elk staal bevat immers 4992 punten van ongeveer 18000 genen, in totaal dus bijna 90 miljoen datapunten die voor elk staal in hun volledige ruimtelijke context geanalyseerd moeten worden.
- Peter Merseburger (rechts op foto, met Joachim Siaw)
Dezelfde technologie wordt nu ook toegepast om het werkingsmechanisme van nieuwe, experimentele behandelingen voor neuroblastoom in muismodellen te ontrafelen.
Ontdek de wetenschappelijke publicatie (in het Engels) via deze link.
Ten slotte: CRIG steunde in 2023 het werk van de eerste auteur, Dr. Joachim Siaw, door middel van een onderzoeksbeurs (lees meer). De financiering voor dergelijke beurzen voor jonge onderzoekers wordt voorzien door CRIG en vzw Kinderkankerfonds via een strategische samenwerking, en dankzij de steun van vele donateurs!